scRNA-seq: Quality Control

Intro Single-cell RNA-seq Why Single-cell RNA-seq？ 为了更好的了解组织和存在的细胞类型，需要更高分辨率的技术 scRNA-seq提供了在单个细胞水平上表达哪些基因的信息 探索组织中存在哪些细胞类型 识别未知/稀有的细胞类型或状态 阐明分化过程中或跨时间或不同状态下的基因表达变化 识别在特定条件下（例如，治疗或疾病）在特定细胞类型中差异表达的基因 Common applications of single-cell RNA sequencing 细胞异质性研究：能够鉴定细胞亚型和稀有细胞类型 细胞状态转变的轨迹分析：鉴定谱系特异性基因表达和驱动分支的关键基因 解剖转录动力学：转录爆发，基因在每个细胞中的打开和关闭 网络推断：推断模块，共同调节的基因-推断基因调节网络 ref: Liu S, Trapnell C. Single-cell transcriptome sequencing: recent advances and remaining challenges. F1000Res. 2016 Feb 17;5:F...

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